Я ещё раз уточню на всякий случай:

Токарные станки при регионе Москва показывает 22 место в приложении, при клике на 22 открывает яндекс с регионом Москва, и там запрос действительно на 22 месте.

При этом на компьютере это 9е место.

Всё верно?

А регион при этой неправильной позиции написан Москва у Яндекса?

Правильную или нет? 

Какой там регион?

На позицию в приложении пробовали нажимать?

А если нажать на саму позицию в приложении, там должен открыться встроенный браузер, там тоже будет регион Москва сверху, и при этом неверная позиция?

Попробуйте сменить на Без региона, проверить, и потом опять на Москву.

Проверили несколько раз в разных конфигурациях — http://i.imgur.com/LIwtY9x.png , везде всё в порядке.

У вас точно стоит регион Москва как на скриншоте?

Нажмите на позицию яндекса, и в открытом браузере посмотрите, тоже неверную позицию показывает?

В этом же браузере какой регион Яндекс пишет?

Здравствуйте, Дмитрий.

Давайте будем решать проблему. 

Пришлите пожалуйста сюда или в приватный форум http://seotool.userecho.com/forum/10569-helpdesk/ :

— сайт,

— запросы,

— запросы по которым не верна выдача,

— с чем вы сравниваете верность выдачи.

Заранее спасибо!

Проверили первые 4 запроса, по всем выдача приложения совпадает с выдачей в браузере.

Есть вероятность что несовпадение выдачи, это следствие введения нового алгоритма Яндекса, по которому он может показывать вам персонализированную выдачу в зависимости от ваших предыдущих поисков.

Наше приложение показывает выдачу без персонализации, отсюда видимо и есть разница.